3.sezóna
301 - Into the Fire
SGC dostane informaci od Tok'rů, kde drží SG-1. Hammond vyslal několik týmů na jejich záchranu. Podaří se zachránit Daniela a Sam, ale z Jacka udělali hostitele. Naštěstí ho zachránila Tok'ra, který tam byla jako špion. SG-1 s pomocí Teal'ca a Hammonda zlikvidovala ostatní Jaffy.
302 - Seth
Jacob přijde na Zem se zpávou, že se ztratil jeden goa'uld - Seth. Z historie se Daniel dozvěděl, že ani neopustil Zemi a dodnes se skrývá. Daniel ho ale našel pomocí falešného kultu. SG-1 s Jacobem se tam vydali, aby ho chytili. Na místě zjistili, že jeho pevnost je dobře hlídaná. Zjistili také, že ven i dovnitř vede úniková chodba. Tou se SG-1 dostala dovnitř, ale Seth je nakazil Nishtou. Naštěstí elektrický výboj látku zneškodnil a SG-1 osvobodila všechny lidi. Setha nakonec zabila Sam pomocí ozbrojené ruky.
303 - Fair Game
Vládcové soustavy se chystají napadnout Zemi, ale Asgardi varují SGC a dohodnou mírovou konferenci, které se zúčastní tři vládcové a jeden člověk. Tím člověkem je Jack. Podmínkou pro jednání je, že se konference bude konat na Zemi. Dohoda je uzavřena, ale vládcové požadují okamžité zabavení obou Hvězdných bran. Mezitím byli Teal'c a Cronos vážně zraněni. Teal'c se vyléčil, ale Cronos umíral. Když ho Nirrti měla uzdravit, řekla, že je příliš zraněn, a chtěli odejít. Sam později zkusila to samé a uzdravila ho. Nakonec se dohoda uzavřela a SGC si mohlo nechat obě brány.
304 - Legacy
Daniel je v síni Linvris nakažen Machellovou zbraní proti goa'uldům. Začíná mít halucinace a Hammond ho pošle do blázince. Daniel má halucinace proto, protože nemá v sobě symbionta a ta potvůrka v něm, kterou vytvořil Machello mu způsobuje halucinace. Když se Daniel dotkne Teal'ca, potvůrka se přemístí do něho a Daniel se pomalu uzdravuje. Díky Sam se podaří vyrobit protilátku, která zabije Machellův výtvor.
305 - Learning Curve
SGC narazí na civilizaci, která je technicky asi na stejné úrovni jako goa'uldi - Orbánci. SGC se s nimi spřátelí a zjistí, že mají opačný způsob učení. Mladí učí staré pomocí nanitů. Zjistí také, že vyvinuli naquadahový reaktor, který umí vytvořit velké množství energie. Sam ho zkoušela vytvořit z pozemských materiálů, což se jí nakonec povedlo.
306 - Point of View
Do oblasti 51 vejde pomocí kvantového zrcadla dr. Carterová a mjr. Kowalsky z paralerní reality. Odvedou je do SGC a oni tam chtějí zůstat. Carterová z paralerní reality vážně onemocní a musí se vrátit do své reality. SG-1 bez Carterové jde do paralerní reality, aby zavolala Asgardy, protože na Zem v paralerní realitě právě útočili goa'uldi...
307 - Deadman's Switch
SG-1 nachází planetu, která je asi v období středověku a obývají ji křesťané. SG-1 osvobodí dívku, kterou Vikář označil za posedlou duchy a chtěl ji obětovat. Vikář vlastní prsten, kterým je schopen omráčit koho chce. Omráčí SG-
309 - Rules of Engagement
SG-1 jde na planetu, kde je právě jiný SG tým, na kterého útočí skupina Jaffů. Neznámý SG tým omráží Intarem SG-
310 - Forever In A Day
Sha're/Amounet právě zabíjí Daniela ozbrojenou rukou a v tom přiběhne Teal'c a zabije ji, aby zachránil život Danielovi. Daniel se dlouho zotavuje a mezitím prožívá mnoho snů a není si jistý, zda prožívá skutečnost. Zjistí také, že Sha're mu ozbrojenou rukou poslala zprávu, kde se skrývá Harsesis.
311 - Past and Present
SG-1 dorazí na planetu Vyus, kde zjistí, že všichni ztratili paměť. Místní obyvatelé tvrdí, že mají fotky starých, ale někam zmizely všechny děti. SGC zjistí, že planeta, na které byli, byla ta, na kterou odešla Linea z SGC. SG-1 nakonec zjistí, že Linea experimentovala s elixírem mládí, ale elixír měl vedlejší účinek. Všichni na planetě omládli o mnoho let, ale ztratili paměť.
312 - Jolinar's Memories
Martouf přijde do SGC se zprávou, že Sokar chce zaútočit na vládce soustavy a že Jacob byl zajat Sokarem. SG-1 s Martoufem se vydává na Netu (měsíc, který obíhá okolo Delmaku - Sokarova planeta), aby zachránili Jacoba. Na Netu se ale při útěku dozví, že Apophis je na živu a ovládl Netu.
313 - The Devil You Know
Teal'c se v tel'tacu vrátil na Vorush se správou, že byla SG-1 zajata. Zpátky letí s jedním Tok'rou, který má za úkol zničit Netu, když bude Sokarova loď na oběžné dráze, aby ho zničil. To se mu podaří, ale Apophis z Netu uprchl a ovládl velkou Sokarovu armádu.
314 - Foothold
SG-1 se vrátí na základnu a Hammond je žene na ošetřovnu, kde jim dají sedativum, aby je uspali. Teal'c se dozví, že to jsou mimozemšťani. Daniel a Jack jsou vyměněni za své repliky, ale ve skutečnosti to jsou mimozemšťani, kteří mají na sobě zařzení a to jim mění vzhled. Sam a Teal'c se osvobodí a Sam uteče mimo základnu. Teal'c zůstává, aby zjistil víc a zdržel je v tom, co dělají. Sam zavolá Maybournovi. Ten zavolá falešného Jacka a Daniela. Sam a Maybourne ale přijdou na plán, který osvobodí celé SGC.
315 - Pretense
Na nové Tolláně havaruje goa'uldský útočný letoun a v něm Klo'rel/Skaara. Tolláni ho zajmou a pošlou Narima na Zem, aby přinesl vzkaz SG-1. Mají se zúčastnit Triadu. Triadu se zúčastní Jack a Daniel, goa'uld Zipacna a noxská žena Leya. Zipacna ovšem využíval Triadu, aby zničil Tollánu. To se mu díky Teal'covi nepodařilo a Zipacnova mateřská lo'd byla zničena.
316 - Urgo
SG-1 odchází na planetu, kde se zdá, že je to naprostý ráj. Ovšem po projití bránou se objeví zpátky v SGC. Hammond tvrdí, že byli pryč víc než 15 hodin. Dr. Fraiserová po vyšetření zjistí, že všíchni mají v mozku zařízení, které jsou navzájem propojené. Když je SG-1 zavřena na samotku, objeví se jim chlapík, který je v jejich mozcích (zařízení), SG-1 se ho chce zbavit a proto zavolají jeho tvůrce. Ten jim zařízení odstraní a ...
317 - A Hundred Days
Edora (planeta, kterou právě objevilo SGC) každý rok prochází pásem asteroidů, které pak létají atmosférou, ale nepadají na zem. Ovšem jednou asi za 150 let padají na zem. SGC chce Edořany evakuovat na Zem, ale někteří nechcou jít. Protože jeden asteroid dopadl na bránu, zůstal Jack na planetě, protože brána byla pohřbená. SGC přišlo na způsob, jak vyhrabat bránu a poslalo Teal'ca na Edoru skrz bránu. Nakonec se Jack dozvěděl pomocí vysílačky, že je u brány Teal'c a kopal mu naproti.
318 - Shades of Grey
Jack se na Tolláně rozčílí a ukradne zařízení, kterým Tolláni vyřadili jak jejich, tak i goa'uldské zbraně. Jack je kvůli tomu propuštěn z SGC a je v důchodu. Maybourne mu ale nabídne práci. Má krást jiným rasám vyspělé technologie k obraně Země proti goa'uldům. Jakmile Asgardi přijdou na polohu jejich základny, Thor přiletí s mateřskou lodí a začne se brát ukradené technologie. Jack se vrací zpět na Zem a všichni ostatní jdou za ním, kde jsou zatčeni.
319 - New Ground
SG-1 se dostala na planetu, kde právě probíhala válka mezi dvěma kontinenty. Bedrosané věřili, že život vznikl na Bedrosii, ale Optricové (na sousedním kontinentu) věřili, že jejich předkové byli přivedeni průchodem (bránou). SG-1 byla zajata Bedrosiany, ale pomocí Nyana se SG-1 dostala zpět na Zem.
320 - Maternal Instinct
Do SGC přijde Bra'tac se zprávou, že Apophis zaútočil na Chulak, jakoby tam něco hledal - Harsesise. Bra'tac, SG-
321 - Crystal Skull
SGC objeví planetu, na které je přes
322 - Nemesis
Jack je transportován Thorem na Biliskner, kde se dozví, že loď je zamořená Replikátory - nepřátelé Asgardů, kteří jsou ještě horší než goa'uldi. Jack musí zniči Biliskner, aby Replikátoři nezamořili Zemi. Na loď jsou na příkaz gen. Hammonda transportováni i Sam a Teal'c. Nakonec se pomocí odpálení přídavných trisek podaří zničit loď. Jeden Replikátor ovšem přežije.